Puzzle z cyframi pojawiały się w gazetach już w XIX wieku, gdy wydawcy francuskich gazet zaczęli eksperymentować z kwadratami łacińskimi. Paryski dziennik Le Siècle opublikował planszę 9×9 z podziałem na kwadraty 3×3 w 1892 roku, jednak nie było to sudoku, ponieważ inne były zasady rozmieszczania cyfr w wolnych polach (potrzeba było arytmetycznych obliczeń zamiast zastosowań logiki). Owe łamigłówki drukowane we francuskich gazetach zniknęły wraz z wybuchem I wojny światowej. Według Willa Shortza twórcą współczesnego sudoku jest najprawdopodobniej Howard Garns, 74 – letni emerytowany architekt i twórca rozmaitych puzzli z Indiany w USA. Pierwsza publikacja miała miejsce w 1979 roku w Dell Magazine pod nazwą Number place. Garns przez lata współpracował z tą gazetą, która publikowała łamigłówki, które opracowywał, stąd podejrzenie, że to właśnie on jest twórcą gry. Niestety ogromnego sukcesu, jaki osiągnął jego wytwór nie zobaczył, ponieważ zmarł w 1989 roku. Pierwszy raz w Japonii pojawiło się w gazecie Monthly Nikolist pod nazwą Suuji wa dokushin ni kagiru, co w wolnym tłumaczeniu oznacza „liczby muszą być pojedyncze”. Późniejsza nazwa sudoku wprowadzona została przez Maki Kaji – i stanowi skrót utworzony z pierwszych liter wcześniejszej nazwy. W 1997 roku Wayne Gould, emerytowany sędzia z Hong Kongu zapoznał się z grą i w ciągu sześciu lat opracował program generujący bardzo szybko kolejne plansze. Zaproponował on grę gazecie The Times, znanej z drukowania rozmaitych łamigłówek na swoich łamach. Sudoku (pod nazwą Su Doku) zadebiutowało dwunastego listopada 2004 roku. Od tego czasu liczy się okres niezwykle intensywnego rozwoju gry na wszystkich rynkach. Międzynarodowa kariera sudoku wciąż trwa i nic nie wskazuje na to, by miała się szybko skończyć. W czerwcu 2008 roku unieważniono wynik procesu w sprawie handlarzy narkotyków, gdy okazało się, że podczas procesu pięciu z dwunastu przysięgłych grało w sudoku zamiast obserwować prezentowane dowody winy oskarżonych.